La unidad de Botánica tiene como objetivo primordial el estudio de la diversidad florística en Costa Rica. Inició sus operaciones formales en el año 1993, con la fundación e inscripción del Herbario del Instituto Nacional de Biodiversidad (INB), año desde el cual se ha realizado un estudio sistemático de las diferentes unidades bióticas en el país, principalmente en aquellas áreas poco exploradas o desconocidas. En la actualidad, más del 85 % del total de la flora (9.300 especies) está representada en el herbario y en algunos grupos, como por ejemplo, las bromelias, se cuenta con la mejor colección existente del país en el ámbito mundial. Se cuenta además con una colección de fotografías de especímenes tipo y otras colecciones históricas.

La unidad de Bótanica ha trabajado fuertemente en el Manual de Plantas de Costa Rica, proyecto desarrollado junto con el Missouri Botanical Garden y el Museo Nacional de Costa Rica, así como una serie de especialistas internacionales de diferentes instituciones. La obra contemplará un total de siete volúmenes, cuyos dos primeros tomos fueron recientemente publicados. Asimismo, se ha fomentado la divulgación de los diferentes conocimientos generados en el proceso de inventario, por lo cual, se han publicado más de 60 artículos, tanto de especies nuevas y nuevos reportes, como de monografías y revisiones sistemáticas, así como varias guías de campo.

Mediante la firma de convenios de colaboración con diversas instituciones, se promueve el intercambio de literatura y de especímenes por identificación de material. En forma general, se ha apoyado la visita continua de diferentes especialistas, el apoyo a estudiantes de maestría y doctorado, y otros grupos. Los curadores han participado en diferentes proyectos florísticos en otros países, como consultores o especialistas en un determinado grupo.