El objetivo principal del INBio es fortalecer las capacidades nacionales, en ningún caso substituir la labor que les corresponde a los países. Para ello se trabaja en establecer y desarrollar alianzas con instituciones y organizaciones nacionales y regionales.
La transferencia de información y de "know how" son el eje central del quehacer regional del INBio.
El trabajo en la región incluye oportunidades de desarrollos al interior de INBio que puedan ser replicados o compartidos con la región, ejemplo de esto serían metodologías de monitoreo de biodiversidad, herramientas informáticas, o metodologías y técnicas de educación ambiental.
Cualquier proyecto que se promueva en la región, debe contener un componente dirigido a atender la agenda institucional nacional, directa o indirectamente.
No competir con capacidades y acciones de otras organizaciones de alcance regional.
El esfuerzo de articular una agenda centroamericana debe ser el inicio de lo que debe llegar a ser el programa internacional de INBio.
CONABIO es uno de los aliados importantes para el desarrollo de actividades en el marco del corredor biológico mesoamericano.
En el caso de propuestas a donantes, se anotan los mandatos internacionales relacionados con la CDB que llevan al INBio a promover estas actividades.
Los costos de las actividades deben cubrir los costos de operación del programa.
